Nel 1153 Milano voleva distaccarsi dalla Chiesa di Roma, per questo la Chiesa mandò a Milano San Bernardo che riuscì a riportare la pace a Milano.

Gli abitanti per rigraziarlo gli diedero terreni situati oltre Porta Romana e denari con cui, insieme a 11 monaci, costruì l'Abbazia.

La terra su cui costruirono l'abbazia, essendo paludosa, dovette essere bonificata dai monaci che seguivano la regola "Ora et labora" di San Benedetto; successivamente i monaci insegnarono le tecniche di bonifica a tutti i contadini del luogo.

Furono loro a inventare il grana padano e i primi ad utilizzare la campanella durante la celebrazione Eucaristica, idea di B.Guido, un monaco cistercense.

Nell'abbazia ci sono molte opere artistiche, come la Madonna del Favore, da cui molti Milanesi si recano per chiedere grazie; il coro dove si siedono i monaci è stato intagliato da Carlo Garavaglia.

Inoltre la chiesa presenta molte imperfezioni, come la forma di colonne non simmetriche, la presenza di piccole finestre da una parte, mentre dall'altra parte sono inesistenti, perchè questo indicava l'imperfezione dell'uomo e del mondo.

La chiesa è sviluppata per metà in stile gotico e per metà in stile romanico; la pianta della chiesa è croce latina.

Il transetto di destra è interamente ricoperto da affreschi dove viene rappresentato lo sterminio dei monaci e delle suore a Praga nel 1600. Nel transetto è collocata anche una statua di Giacomo Manzù che rappresenta la persona umana, per cui è per metà donna e per metà uomo.

Nel transetto di sinistra invece è raffigurata la Madonna del latte; salendo una serie di scalini si può giungere a un pianerottolo dove è rappresentata la Madonna della Buonotte: il nome deriva dal fatto che la sera prima di andare a dormire i monaci tutti insieme recitano una Ave Maria davanti a questo quadro .

Dopo la Madonna della Buonanotte è presente il chiostro, dove si affacciano tutti i vari locali: Camere dei monaci, Sala Capitolare, dove i monaci discutono e pregano, il Refettorio (esistevano dei giorni di grassa -martedì, giovedì, domenica- e altri di magra -lunedì, mercoledì, venerdì, sabato-); infine c'è la foresteria dove venivano ospitati i forestieri.